W pracy zawodowej zajmuje się zagadnieniami dotyczącymi numerycznego i fizycznego modelowania procesów przeróbki plastycznej metali. Od 2003 roku pełni funkcję kierownika jednego z najnowocześniejszych w Polsce laboratorium fizycznych symulacji procesów metalurgicznych, znajdującego się na wydziale Inżynierii Procesowej Materiałowej i Fizyki Stosowanej. Od początku swojej pracy prowadzi badania naukowe ze szczególnym ukierunkowaniem na zastosowania przemysłowe, czego wymiernym dowodem jest duża liczba wdrożeń prac badawczo-rozwojowych w różnych przedsiębiorstwach z branży metalurgicznej (Huta Buczek w Sosnowcu, ISD Huta Częstochowa, Huta im. T. Sendzimira w Krakowie, CMC Zawiercie i in.). Bierze czynny udział w realizacji wielu projektów badawczych, badawczo-rozwojowych oraz celowych dofinansowanych ze środków Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Narodowego Centrum Badań i Rozwoju. Prowadzi również szeroką współpracę z innymi jednostkami badawczymi w kraju (Akademia Górniczo-Hutnicza w Krakowie, Wojskowa Akademia Techniczna w Warszawie, Politechnika Rzeszowska, Politechnika Lubelska, Instytut Metalurgii Żelaza w Gliwicach i in.) oraz za granicą (Moskiewski Instytut Stali i Stopów, Państwowy Uniwersytet Politechniczny w St. Petersburgu, Karagandzki Państwowy Uniwersytet Przemysłowy w Temirtau – Kazachstan, Vysoka Skola Banska TU-Ostrava, Zakład Badawczy Huty Vitkovice – Czechy, National Center for Metallurgical Research - Madryt i in.). Wyniki prowadzonych badań opublikował w ponad 150 pracach zamieszczonych głównie w czasopismach zagranicznych i krajowych oraz w wielu niepublikowanych pracach. Od 2001 roku był promotorem 7 prac inżynierskich i 28 prac magisterskich. Dr hab. inż. Marcin Knapiński jest członkiem Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Przemysłu Hutniczego, (SITPH), członkiem założycielem Polskiego Oddziału Wire Association International oraz członkiem Sekcji Teorii Procesów Przeróbki Plastycznej Komitetu Metalurgii PAN. Od 2008 roku pełni także funkcję kierownika Zakładu Automatyzacji Procesów Przemysłowych w Instytucie Modelowania i Automatyzacji Procesów Przeróbki Plastycznej.
03 marca 2011 roku na wydziale Metalurgii i Inżynierii Materiałowej Vysokiej Skoly Banskiej TU-Ostrava (Czechy) odbyło się kolokwium habilitacyjne dr Marcina Knapińskiego, podczas którego habilitant zreferował główne tezy rozprawy habilitacyjnej pt. „Nowe aspekty walcowania normalizującego blach grubych” oraz wygłosił wykład dydaktyczny. Na podstawie przeprowadzonego przed Radą Wydziału kolokwium, Rektor Vysokiej Skoly Banskiej TU-Ostrava z dniem 1 kwietnia 2011 roku nadał dr Marcinowi Knapińskiemu stopień naukowy docenta w dyscyplinie metalurgia, równoważny w Polsce stopniowi doktora habilitowanego.
Obecnie jest zatrudniony na stanowisku profesora nadzwyczajnego w Instytucie Przeróbki Plastycznej i Inżynierii Bezpieczeństwa. Jest autorem lub współautorem ponad 130 prac naukowych. Prodziekan ds. Nauki Wydziału IPiTM wybrany na kadencję 2012-2016. Dziekan Wydziału wybrany na kadencję 2016-2020 oraz 2020-2024.